-> Resolution: разрешение, в котором будет запущен эмулятор при старте игры. Вы можете выбрать Windowed для игры в окне, или нужное вам разрешение для полноэкранного режима. Переключаться между оконным и полноэкранным режимами можно с помощью ALT+Enter.
-> Renderer: обработчик графики. На выбор предоставлено множество вариантов, но наиболее примелимыми являются DX9 (Hardware) или DX10 (Hardware) (впрочем, к выбору, также, доступен и DX11, но он пока экспериментален). Выбирайте первый или второй, в зависимости от того, какой режим поддерживает ваша видеокарта. Для FFX я рекомендую DX9, для FF12/GoW1-2 можно попробовать DX10, дабы избежать неприятных глюков. Вообще, DX10 на данный момент самый оптимальный режим, но доступен он лишь под Windows Vista/7 и только при наличии соответствующей видеокарты.
-> Interlacing: данный режим позволяет избавиться от неприятных глюков вроде дрожания экрана. С помощью быстрой клавиши F5 вы можете подстраивать режим интерлейсинга под себя прямо в процессе эмуляции игры. Если никаких проблем у вас не наблюдается изначально - ставьте None.
-> Aspect Ratio: формат изображения (соотношение сторон). Выберите нужный вам формат: 4:3 для стандартной панели, 16:9 для widescreen и Stetrch за заполнения во всю доступную область экрана.
-> D3D internal res: внутренняя разрешающая способность графического 3D-рендера. Значения должны быть адекватны модификатору соотношения сторон или, проще говоря, тому разрешению, в котором вы будете запускать игру (чаще всего это разрешение рабочего стола). Для улучшение качества картинки, можно увеличить эти значения в два раза, но с соблюдением пропорций относительно запускаемого разрешения/текущего разрешения раб. стола. Само собой, увеличение значений скажется на производительности. Альсо, помните, что эмулятор сохраняет скриншоты в разрешении internal-рендера, а значит, выставив 2048x2048 вы получите скриншот именно такого разрешения.
Галочка опции Native активирует обработку в оригинальной разрешающей способности консоли PS2.
-> SW rend threads: количество потоков рендеринга для обработки графики в Software-режиме. Настройка активируется только при использовании Software-рендера. Забудьте про нее вообще, если у вас нет Core i7 разогнанного до 3.0Ghz.
-> Texture Filtering: билинейная фильтрация текстур. На современных видеокартах почти не роляет на производительность, а качество текстур заметно улучшает.
-> Allow 8-bit textures: ускоряет процесс текстурированмя, за счет чего можно получить пару-тройку лишних FPS. В некоторых играх (GoW2) приводит в различного рода глюкам.
-> Wait Vsync: вертикальная синхронизация фиксирует частоту рендеринга кадров в соответствии со значением частоты обновления дисплея. Это улучшает качество изображения при движении камеры обзора за счет устранения горизонтальных разрывов в 3D-изображениях.
-> Edge anti aliasing: актуален только для Software-режима, немного сглаживает края обьектов (AA c порогом в 1).
-> Logarithmic Z: активирует логарифмическую трансформацию изображения, дабы избежать некоторых графических багов. Акутально лишь для DX9.
-> Alpha Correction (FBA): активирует альфа-коррекцию текстур, актуально лишь для DX9.
-> Enable output merger blur effect: блюр он и есть блюр, по-умолчанию выключен.

Пройдемся по секциям и их опциям.

Mixing settings:

-> Interpolation: интерполяция звука. От режима интерполяции зависит, будете ли вы слышать "скрипящие, "скрежущие" и "шипящие" звуки или нет. Cмысла выбирать между вариантами нет, оптимальным является Linear потому как Cubic довольно бажно реализован.
-> Disable Effects Processing: позволяет отключить эффект реверберации как на PS2. Собсно, SPU2-X единственный плагин, который хорошо эмулирует сей эффект (точнее, который вообще его эмулирует), однако на случай проблем предусмотрена опция отключения.
-> Enable Debug Options: для дебага аудио-данных, рядовому пользователю сие не нужно.

Mixing settings:

-> Module: модуль обработки и вывода звука, по-умолчанию XAudio2. Его и оставьте. Впрочем, DirectSound в редких случаях может дать пару лишних FPS.
-> Configure: позволяет настроить определенные параметры работы модуля, вроде размера буфера и выбора устройства воспроизведения. Для XAudio2 диалог пока не активен.
-> Latency: чем меньше значение задержки чем, конечно, лучше, однако сие верно лишь при высоких значениях FPS с запасом. В случае, если у вас звук спешит или заикается (пропуски), увеличьте значение. Стандартное - 160ms, ниже 100 не рекомендуется.
-> Disable Time-stretching: а это, собсно, и механизм, который помогает избежать вышеописанных проблем. В случае, если звук у вас заикается, он автоматически регулирует задержку, позволяя сгладить "аудио-неровности". Тем не менее и тут приходится платить свою цену: при резких падениях FPS звук пусть и не будет спешить или отставать, но может появится эффект "роботизированности".
-> Disable audio-expansion: механизм, который автоматически определят конфигурацию вашей звуковой системы, будь то 2.1 или 5.1. Обычно работает без проблем, но в случае некорректного вывода звука по каналам вы можете отключить данную функцию.
-> Use a Winamp DSP plugin: позволяет использовать DSP-плагины Winamp'а.

LilyPad, в отличие от других pad-плагинов, представляет почти все возможные интерфейсы ввода, что позволяет избежать проблем связанных с определенным из них (в случае, если у вас таковые).
Всего для настройки доступно три типа устройств: клавиатура, gamedevices (игровые устройства, джойстики, гитары, виимоуты и т.д.) и мышь. Для каждого свой набор API ввода, но в большинстве случаев подходит DirectInput. Отдельно стоит упомянуть GameDevices-блок - если вы используете X-pad то есть смысл включить XInput.
Среди остальных опций перечислю лишь самые важные:

-> Always hide cursor: скрывать курсор мыши, когда видео-окно PCSX2 активно.
-> Allow binding multiple [...]: позволяет назначить несколько эмулируемых кнопок PS2-джойстика на одну кнопку устройства ввода (будь то клавиатура или джойстик).

-> Блок "Pads": позволяет настроить multitab-режим (многоджойстиковый режим).
-> Блок "Device Diagnostics": стандартная response-диагностика автоматически определенных (Refresh - переопределение) устройств.

-> Use GS thread: включить использование gs-потока, вместо CPU или pad потоков. Синхронизация.
-> Disable screensaver: отключает скинсейвер во время работы PCSX2.
-> Local volume control: локальное (per application) управление звуком для PCSX2, доступно лишь на Vista/Win7.
-> Enable loggin: включает/отключает логирование работы плагина.
-> Send Escape on windows close: посылает эмулятору escape-ключ в случае, если вы просто закрыли видео-поток. По сути, то же самое что и нажатие Escape.
-> Exit emulator on windows close: закрывает эмулятор в случае если закрыто видео-окно.
-> Safe fullscreen exit on escape: фикс для полноэкранного режима, когда нажатие Escape приводило к крашу эмулятора. В последних ревизиях GSdx подобное было пофиксено, посему, в актуальности фикса не уверен.
-> Save State # in title: включает отображение номера слота быстрого сохранения в заголовке видео-окна.
-> Guitar Hero 2 hack: специальный хак для Guitar Hero 2, эмулирующий подключенную гитару (зажимается "влево").

-> Load/Save Bindings: позволяют загрузить или сохранить настройки кнопок.

-> Вкладки Pad 1/Pad 2: собсно, сами вкладки, отвечающие за настройку кнопок джойстиков.

Сразу скажу - как бы вам не хотелось, но смысла в использовании полноценных CD/DVD-плагинов, читающих данные игры напрямую с оптического диска - нет. Вариант с образами проще и гораздо производительнее.
На "Comsress/Decompress Iso" можете не смотреть, они вам все-равно не понадобятся. В противном случае, вы уже знаете что делать и зачем они.

-> CPU Vendor: информация о производителе процессора (AMD или Intel).
-> Family: семейство (серия), к которому принадлежит процессор, его полное имя.
-> CPU Speed: частота работы процессора.
-> Features: поддерживаемый процессором набор инструкций/особенностей.

Далее идут сами настройки:

-> "EErec - EE/IOP Recompiler": активирует рекомпилятор для PS2-процессора "Emotion Engine". Данный режим многократно ускоряет скорость эмуляции, но только в том случае, если ваш процессор поддерживает MMX и SSE инструкции. Рекомендуется включить.

SuperVU:

Основной набор рекомпилеров VUx-юнитов PS2.

-> "VU0rec": рекомпилятор модуля VU0. По-умолчанию включен и должен быть включен в принципе, так как заметно ускоряет процесс эмуляции. Впрочем, VU0 также является частой причной sps-багов (spikey polygon syndrom) в играх.
-> "VU1rec": рекомпилятор модуля VU1. По-умолчанию включен и должен быть включен в принципе, особых багов за ним не замечено, хотя и бывают случаи.

microVU:

Тоже отдельный разговор. MicroVU не является заменой SuperVU, он эмулирует часть инструкций VU-юнита, т.н. "microVU" и без включенного соответствующего SuperVU-рекомпилера просто-напросто не работает. Основное предназначение microVU - это совместимость, а не скорость. С другой стороны, разработчики в скором времени обещают сделать его треадабельным (многопотоковым), что, я уверен, будет нехилым подспорьем в скорости эмуляции.

> "microVU0": включает использование microVU0.
> "microVU1": включает использование microVU1.

-> "Multi-threaded GS mode (MTGS)": режим многопотокового GS, основное предназначение - ускорение эмуляции. Включайте только в том случае, если вы имеете процессор с технологией HyperTreading или многоядерной архитектурой и видеодрайвер вашей видеокарты имеет поддержку многопотоковой оптимизации.

Frame Limiting

-> Normal: без лимита.
-> Limit: ограничение кол-ва FPS соответственно региону игры (PCSX2 сам определяет его). По-умолчанию, стоит именно этот режим (он нам и нужен).
-> Frame skip: использовать пропуск кадров.
-> Custom FPS limit: ручная установка лимита FPS. Любое число в данном поле окромя "0" отключает автоопределение лимита.
-> Skip Frames when lower than: данная опция позволяет вам указать количество FPS, при достижении значения которых автоматически включается режим пропуска кадров. Актуально лишь при включенном Frame skip'е.
-> Consecutive Frames before skipping: указанное здесь число будет использоваться как число последовательных кадров, которые будут отрендерены прежде, чем пропускать следующий за ними кадр(ы).
-> Consecutive Frames to skip: число кадров которое необходимо пропустить, прежде чем рендерить следующую за ними последовательность кадров.

Карты памяти создаются эмулятором автоматически, когда вы форматируете их посредством PS2 Browser'а (Run -> Bios) или в игре. Однако если по каким-то причинам этого не произошло, вы всегда можете скачать пустые виртуальные карты памяти для PCSX2 здесь[/url].

-> Enable NTFS compression: использует NTFS-сжатие карт памяти. Качество сжатия можно посмотреть в свойствах файла карты памяти. По-умолчанию включено.
-> Ejects MCDs when loading SaveStates: акутально и, по сути, крайне желатально включить если вы используете функций быстрого сохранения/загрузки. Сия опция заставляет эмулятор переиндексиовать содержимое карт памяти сразу после загрузки квик-сейва, дабы игра, в процессе эмуляции, видела реальное содержимое карты памяти, а не то состояние, которе было загружено с сейвстета.

Emotion Engine (EE) Sync hacks:

Позволяет менят cycle rate (скорость циклов) эмулируемого процессора PS2 при рекомпиляции. Default Value - обычная скорость циклов, такая же, как на самой PS2, и, как следствие - менее глючная. Значение "x1.5" наиболее оптимальный вариант между стабильностью и скоростью, значение "x2" дает больший прирост, но приводит к заикающемуся звуку в заставках.

Emotion Engine (EE) misc hacks:

> INTC Sync Hack: неплохое ускорение и весьма хорошая совместимость со многими играми.
> Enable IOP x2 cycle rate: небольшое ускорение и неплохая совместимость с большинством игр.
> WaitCycle Sync Hack: небольшое ускорение, однако в некоторых играх может вызывать зависание процесса загрузки уровня/локации. УДАЛЕН в одной из 15xx ревизий как опциональный и включен по-умолчанию.
> Idle Loop Fast-Forward: ускоряет небольшое кол-во игр, включая FFX, без известных побочных эффектов.

Vector Units (VU) hacks:

> Status Flag Hack (microVU only): высокий показатель ускорения и хорошая совместимость. Акутален только для microVU потому как SuperVU делает нечто cхожее по-умолчанию.
> Min/Max Hack (microVU only): небольшое ускорение, которое может быть чревато появлением sps и других графических артефактов. Акутально только при использовании microVU.
> VU Cycle Stealing: хак, который пишел на замену VU-скипу. Имеет 5 значений: от 0 (выключено) до 4 (максимальное ускорение). Весьма актуален для 3D-игр, таких, как GoW2, однако имеет много побочных эффектов, и чем выше значение - тем их больше. Начиная с моргающих 3D-моделей, заканчивая тем, что каждый фрейм (кадр) сей механизм замедляет обработку данных рекомпилятором EE, из-за чего игровая логика замедляется, а кол-во ФПС, тем не менее, увеличивается (т.н. "ложные FPS'). P.S. Отключение лимитирования FPS решает последнюю описанную проблему.